Bereits im Jahre 770 wurde Staufen das erste Mal urkundlich erwähnt. Der Ort erhielt seinen Namen von dem weithin sichtbaren Bergkegel, der wie viele Berge gleicher Form im Althochdeutschen „Stauf“ genannt wurde.
Sehr früh ist die Bedeutung des Bergbaus urkundlich belegt: Im Jahr 1028 verlieh Kaiser Konrad II. Bergbaurechte bei Kropbach an den Bischof von Basel.
Die weitere Geschichte des Ortes ist eng mit den Herren von Staufen verbunden. Die Kirche von Staufen wurde im Jahr 1275 als eigenständige Pfarrei belegt. Staufen selbst wird 1323 in einer Urkunde des Heiligen-Geist-Spitals in Freiburg erstmals als Stadt bezeichnet.
1350 grassierte der Schwarze Tod auch in Staufen; weiterhin wird von Zerstörungen durch das Basler Erdbeben von 1356 berichtet. In der Folge wurde die Stadt Staufen ein Teil Vorderösterreichs; die Freiherren von Staufen bekleideten ab dem 15. Jahrhundert verschiedene habsburgische Amtsposten in Vorderösterreich. In dieser Phase wurde 1487 die Stadtkirche St. Martin in ihrer heutigen Form errichtet.
1602 erlosch das Geschlecht derer von Staufen durch den Tod des letzten Freiherrn. Burg, Stadt und sämtliche Lehen fielen an Österreich. Schwedische Truppen besetzten im Dreißigjährigen Krieg die Stadt und brannten 1632 die Burg nieder. 1806 kam Staufen an das Großherzogtum Baden. Am 24. September 1848 stellten reguläre Truppen während der Badischen Revolution bei Staufen die badischen Freischärler unter Gustav Struve und besiegten sie. Staufen war in der badischen Zeit bis 1935 Sitz eines „Bezirksamts“ (einer der Vorläufer des heutigen Landratsamts) und damit Behördenmittelpunkt für die weitere Region.
Zu einer Katastrophe wurde der 8. Februar 1945, als französische Flieger die Stadt bombardierten. 79 Menschen (51 Zivilisten und 28 Soldaten) kamen dabei ums Leben, 305 Gebäude wurden beschädigt, davon 52 vollständig zerstört. Beim Wiederaufbau achtete man auf die Eingliederung der Neubauten in den historischen Bestand, so dass die Kriegszerstörungen heute bei einem Gang durch die Altstadt kaum auffallen.
Den Namenszusatz im Breisgau trägt die Stadt seit dem 4. März 1965. Am 1. Juli 1971 wurde Wettelbrunn eingemeindet. Die Eingemeindung von Grunern erfolgte am 1. Januar 1974.
Zur Baugeschichte der Pfarrkirche St. Martin
Im Jahre 1250, zur Zeit der Kreuzzüge, wird ein Kirchenbau datiert, dem die unteren Geschosse des Staufener Glockenturmes zugeschrieben werden. Jene Kirche stand quer zum heutigen Bau. 1485 erfolgte eine namhafte Stiftung durch die Gräfing Erentrudis von Werdenberg geb. v. Staufen für einen Kirchenneubau. Das Baudatum ist über dem Hauptportal angebracht. Der Neubau endete, als 1516 das Glockengeschoss auf den Turm gesetzt wurde. 1518 erfolgte die Konsekration der Kirche durch den Konstanzer Bischof Hugo von Hohenlandenberg. Die Pfarrkirche war ursprünglich im barocken Stil gebaut und wurde im Jahre 1870/71 neugotisch umgestaltet. Die bildenden Künstler trugen mit ihren Leistungen zur kunstvollen Ausstattung der Staufener St.Martins-Kirche bei. Zu allen Zeiten sorgten sie damit für ein feierlich-schönes Raumbild, das einen würdigen Rahmen für die Gottesdienste schuf. Die hinterlassenen Sakralwerke sind aber auch wichtige Lebensspuren aller beteiligten Künstler.
